Na początku Mata Nui była pustym światem bez roślin i życia, lecz podczas Wielkiego Kataklizmu tajemniczy wyciek EP sprawił że na wyspie pojawiła się roślinność. Wtedy Matoranie przenieśli się na tę wyspę razem z wieloma Rahi, i Mata Nui została zamieszkana.

Mata Nui została zamieszkana przez Matoran z Metru Nui gdy wielkie miasto zostało poważnie uszkodzone przez Makutę. Teraz Matoranie wrócili so swojego starego domu, i wyspa Mata Nui jest zamieszkana tylko przez Rahi.

Mata Nui została bardzo uszkodzona gdy roje Bohrok zaatakowały. Wyspa była też miejscem, gdzie Toa Metru ukryli Maskę Światła. Mata Nui została znów poważnie uszkodzona przez Rahkshi, i jedna z wiosek, Ta-Koro zniknęła pod otaczającą ją lawą. To na tej wyspie zmierzyli się Takanuva i Makuta, a także tu wylądowali Toa Mata by zacząć swoją podróż, której celem jest obudzenie Mata Nui.

Gdy Toa Nuva wrócili na wyspę Mata Nui, wypuścili Bohroki na powierzchnię, co było częścią misji Toa Nuva. Gdy Gali Nuva wróciła znowu na wyspę, skierowała się do Wielkiego Teleskopu, by zrobić notatki o współrzędnych Czerwonej Gwiazdy. Obecnie wyspa została opuszczona.

Podczas obudzenia Wielkiego Ducha Mata Nui wyspa się zniszczyła[imgl][/imgl]